Prema članku 131. Stavak 3. Zakona o zdravstvenoj zaštiti (NN100/2018) HZJZ stručno nadzire sve ordinacije medicine rada koje provode specifičnu zdravstvenu zaštitu radnika na području Republike Hrvatske. Nadzor stručnog aspekta rada u ordinacijama medicine rada provodi se postupkom definiranim u okviru bilateralnog projekta “MATRA”. Tijekom projekta izrađeni su dokumenti i obrasci koji su testirani u praksi i usuglašeni na zaključnom sastanku s predstavnicima Zdravstvene inspekcije Ministarstva zdravstva i socijalne skrbi i Hrvatske liječničke komore te se nakon toga redovito koriste pri nadzoru stručnom rada u ordinacijama medicine rada.